دانشگاه ها به عنوان سازمان های عمومی برای توزیع منابع مالی خود در بخش های مختلف نیازمند برنامه ریزی و مدلی مناسب برای بودجه ریزی هستند تا بتوانند به اهداف خود برسند. در این تحقیق، مدلی در سطح دانشگاه ارائه شده است که توزیع بودجه متناسب با کارایی و اثربخشی هر دانشکده باشد. بودجه ی هر دانشکده از تلفیق ضریب کارایی حاصل از روش تحلیل پوششی داده ها و اثربخشی حاصل از یک مدل ریاضی آرمانی که دربر گیرنده ی راهبردهای دانشگاه است به دست می آید. نکته ی حائز اهمیت این است که هم ضریب کارایی و هم ضریب اثربخشی در توزیع بودجه نقش دارند و با استفاده از این مدل مداخلات مدیریتی بسته به شرایط و محیط انسانی دانشگاه می تواند به خوبی در مدل اعمال شود. نتایج حاصل از پیاده سازی مدل در دانشگاه یزد و تحلیل حساسیت آن، اعتبار مدل را تایید می کند.