مالیات بر ارزش افزوده از زمان اجرای قانون آن در ایران به عنوان مسأله ای چالش برانگیز، موضوع بحث و تبادل نظر افراد و گروه های اجتماعی مختلف بوده که این امر نشان دهنده حساسیت زیاد مقوله مالیات بر ارزش افزوده و از سوی دیگر بیانگر وجود مسائل حل نشده در مسیر شکل گیری و اجرای خط مشی های عمومی در این حوزه می باشد. همچنین به نظر می رسد عواملی مانند تصویب برخی مقررات و مخالفت-های آشکار و نهان گروه ها و افراد ذی نفع و ذی نفوذ موجب شده تا سازمان امور مالیاتی کشور به عنوان متولی وصول مالیات، در انجام بخشی از وظایف خود با مشکل مواجه شود. هدف این پژوهش شناسایی آسیب ها و چالش های پیشِ رو در نظام مالیات بر ارزش افزوده است. در این مطالعه کیفی از مصاحبه های نیمه ساختار یافته و عمیق با تعداد چهارده نفر از صاحب نظران و کارشناسان مالیاتی کشور و همچنین اسناد و مدارک و گزارشات در دسترس، استفاده شده است. یافته های پژوهش نشان می دهد در فرآیند شکل گیری خط مشی های مالیات بر ارزش افزوده عواملی چون ایده خط مشی گذاران، شیوه قرار گرفتن مسأله در دستور کار و کیفیت ضعیف تصمیمات مالیاتی که متأثر از بستر سیاسی، اقتصادی، اداری و اجتماعی کشور است. در مرحله اجرا منجر به شکست در اهداف قانونگذار، کاهش اعتماد مردم به نظام مالیاتی و آسیب به فرآیند مالیات ستانی می شود. به منظور کاهش معضلات یاد شده، ایجاد مراکز تخصصی جهت ایده پردازی در زمینه مسائل و تصمیمات مالیاتی و تعبیه مکانیزم هایی که از مداخله افراد و نهادهای غیر متخصص در فرآیند خط مشی گذاری مالیاتی جلوگیری به عمل آورد، پیشنهاد شده است.